L’équipe de diagnostic moléculaire du CRI travaille maintenant sur une nouvelle génération de tests rapides automatisés pour la détection et l’identification des microbes. Le Dr Bergeron est le chercheur principal sur un projet de recherche financé par Génome Canada/Génome Québec, mené en collaboration avec des chercheurs de l’Université Laval à Québec, de l’Université Irvine en Californie, de l’Institut des Matériaux Industriels (IMI) du Conseil National de Recherches du Canada (CNRC) à Boucherville, de l'Institut Steacie des Sciences Moléculaires (ISSM) du CNRC à Ottawa, et de l’Institut de Recherche en Biotechnologies (IRB) du CNRC à Montréal. Ces projets visent le développement de nouvelles technologies de théranostic moléculaire rapides et flexibles qui seront combinées aux systèmes de méthodes d’analyse génomique, ainsi qu'aux appareils utilisés pour le diagnostic en moins d’une heure. Le théranostic est un concept en émergence où des méthodes diagnostiques plus complètes, plus rapides et plus informatives sont intégrées pour supporter l’intervention thérapeutique basée sur l'expérience des cliniciens.

Les technologies impliquées dans ce projet sont:

• Micro- et nano-fabrication pour manipulation des fluides, particules et microarrays
• Plate-forme de génomique microbienne couvrant une grande variété de gènes, incluant des gènes hautement conservés dans l’évolution, des gènes de résistance aux antibiotiques et des gènes codant pour des toxines
• Collections de plus de 16000 souches microbiennes caractérisées phénotypiquement et/ou génotypiquement, et plus de 1700 préparations d'ADN génomique purifié
• Stratégies bioinformatiques pour le design optimal des amorces et sondes ainsi que pour l’analyse de données des puces à ADN (microarrays)
• Expertise dans le désign d’amorces et de sondes pour le PCR multiplexe
• Méthodes rapides (< 15 minutes) d’extraction d’acides nucléiques
• Méthodes pour la préparation des réactifs sans contaminants ADN-ARN pour les tests basés sur la détection des acides nucléiques
• Méthode utilisant des cellules microbiennes contenant des séquences d'acides nucléiques servant de cibles contrôles pour vérifier l’efficacité de la préparation de l’échantillon, l’extraction, la purification, l'amplification et la détection des acides nucléiques
• Amplification d'acides nucléiques par PCR en temps réel